Table 2 List of the significantly dysregulated NF-KB-related genes in IBCs relative to non IBCs

Upregulated genes in IBC

CXCL12

1,0 (0,3–8,1)^a

6,2 (0,3–1)

0,0000048

1,5 (0,1–20,1)

0,2 (NS)

PTGS2/COX2

1,0 (0,2–28,7)

8,1 (0,2–62,6)

0,000013

8,9 (0,1–397,2)

0,000018

CCND2

1,0 (0,2–4,8)

2,8 (0,5–15,3)

0,000025

0,7 (0,1–15,3)

0,14 (NS)

MCL1L

1,0 (0,5–7,8)

2 (0,6–5,8)

0,000035

1,1 (0,2–4,7)

0,74 (NS)

TNFAIP3/A20

1,0 (0,4–2,7)

2,6 (0,3–12,8)

0,000042

0,9 (0,2–9,1)

0,83 (NS)

GADD45B

1,0 (0,1–12,4)

2,9 (0,1–7,3)

0,000059

1,1 (0,2–7,5)

0,19 (NS)

FASLG

1,0 (0,1–2,5)

1,8 (0,3–5,6)

0,00011

0,7 (0,1–7,2)

0,28 (NS)

CXCL1/GRO1

1,0 (0,1–108,7)

5,8 (0,2–73,4)

0,00016

5,3 (0,1–149,2)

0,0026

MCL1S

1,0 (0,3–3,1)

2,5 (0,5–9,2)

0,00018

1,4 (0,3–7,0)

0,12 (NS)

NFKB1

1,0 (0,4–11,1)

2,1 (0,2–8,0)

0,00025

0,8 (0,2–2,9)

0,92 (NS)

CCND3

1,0 (0,5–3,5)

1,5 (0,7–24,4)

0,00038

0,8 (0,3–3,3)

0,22 (NS)

SELE

1,0 (0,1–3,5)

3,4 (0,2–212,0)

0,00053

0,7 (0,0–21,7)

0,15 (NS)

TNC

1,0 (0,1–30,3)

2,9 (0,3–33,4)

0,00051

0,8 (0,1–16,2)

0,29 (NS)

VCAM1

1,0 (0,4–4,0)

2,1 (0,9–16,3)

0,00051

1,1 (0,1–7,0)

0,92 (NS)

CD40

1,0 (0,3–4,0)

2,7 (0,2–48,0)

0,00076

0,7 (0,1–9,6)

0,07 (NS)

CSF1R

1,0 (0,2–3,8)

2,1 (0,3–25,4)

0,0012

0,6 (0,1–3,1)

0,028

CD48

1,0 (0,06–8,39)

3,07 (0,05–46,98)

0,0017

0,54 (0,02–6,41)

0,036

TNFSF11/RANKL

1,0 (0,10–6,0)

4,2 (0,3–358,3)

0,0019

0,9 (0,1–19,1)

0,86 (NS)

IER3L

1,0 (0,1–4,8)

2,7 (0,2–19,2)

0,0022

1,1 (0,1–27,6)

0,80 (NS)

TNFRSF11A/RANK

1,0 (0,2–3,4)

1,7 (0,1–30,1)

0,003

1,2 (0,1–14,2)

0,66 (NS)

RELA

1,0 (0,3–4,5)

1,3 (0,6–4,5)

0,0031

0,9 (0,3–2,3)

0,65 (NS)

CCL2/MCP-1

1,0 (0,2–3,6)

2,1 (0,5–8,0)

0,0039

1,4 (0,1–10,5)

0,21 (NS)

IKBKG

1,0 (0,4–10,2)

1,4 (0,6–5,2)

0,0057

0,7 (0,2–3,7)

0,039

TNFRSF10B/TRAILR2

1,0 (0,2–2,8)

1,4 (0,3–5,2)

0,0067

1,1 (0,1–12,3)

0,76 (NS)

NFKBIB

1,0 (0,5–6,7)

1,6 (0,4–7,0)

0,0074

0,8 (0,3–5,3)

0,58 (NS)

ICAM1

1,0 (0,2–4,3)

1,9 (0,2–19,0)

0,0083

0,9 (0,1–28,1)

0,38 (NS)

CD40LG

1,0 (0,1–5,0)

2,6 (0,1–30,3)

0,0096

0,7 (0,1–3,1)

0,03

CSF1

1,0 (0,1–3,9)

1,8 (0,3–11,7)

0,0096

0,6 (0,1–2,9)

0,044

PLAU/UPA

1,0 (0,2–16,2)

2,0 (0,4–17,6)

0,011

0,7 (0,1–18,7)

0,21 (NS)

NFKB2

1,0 (0,3–3,2)

1,4 (0,4–10,8)

0,018

0,6 (0,2–4,7)

0,07(NS)

IL15

1,0 (0,00–7,08)

1,72 (0,12–9,67)

0,021

1,40 (0,06–8,48)

0,20 (NS)

GBP1

1,0 (0,17–3,71)

1,35 (0,34–7,06)

0,032

0,78 (0,13–9,64)

0,99 (NS)

REL

1,0 (0,3–3,3)

1,4 (0,2–6,6)

0,039

0,5 (0,2–1,5)

0,002

SOD2

1,0 (0,43–3,89)

1,34 (0,26–7,96)

0,042

1,16 (0,40–4,01)

0,38 (NS)

CHUK

1,0 (0,4–2,4)

1,1 (0,5–4,6)

0,048

0,7 (0,2–2,1)

0,25 (NS)

Downregulated gene in IBC

BIRC4/XIAP

1,0 (0,2–4,0)

0,6 (0,1–1,7)

0,026

0,9 (0,2–15,0)

0,56 (NS)

MKI67

1,0 (0,4–2,8)

1,1 (0,2–9,4)

0,37 (NS)

1,1 (0,1–1327,8)

0,46 (NS)

ESR1/ERa

1,0 (0,0–23,2)

0,2 (0,0–7,9)

0,070 (NS)

0,1 (0,0–163,5)

0,13 (NS)